本所設所長一人綜理所務，並指揮監督所屬員工。
本所設下列三課一室，分別掌理各有關事項：
一、農務研究課
- 掌理農藝、園藝、保健植物、土壤肥料、病蟲草害、農產品加工試驗研究及利用、安全農業，作物品種引進試驗研究及種原保育等事項。
二、農業推廣課：
- 掌理農藝、園藝、保健作物之優良種苗繁殖生產推廣、休閒農業經營管理及輔導、農業機械化推廣及農業氣象管理等事項。
三、行政管理課：
- 掌理法制、新聞、庶務、印信、文書、出納、採購行政、公文稽催、檔案管理、管理考核、為民服務、公共關係、資訊管理、財產管理、所務會務、綜合業務、動員業務及不屬其他各課室等事項。
四、會計室：
- 掌理策劃執行歲計、會計等有關事項，並兼辦統計事項。
編制員額：
- 課長、技正、技士、技佐、課員、辦事員、會計主任等計職員12人，技工和工友25人；另視業務需要約僱臨時人員10至17人。
