本所以病蟲草綜合整合管理為基礎，擴展至作物整合管理，目標在推廣金門農民生產安全、健康、衛生的優質農產品，促進縣民的健康，同時保護生態環境。
本所積極遴選安全農業示範農戶，輔導農民減少化學農藥使用，遵守作物安全採收期，合理化施用肥料，建立「預防勝於治療」的概念，並針對不同主題或農民實際需求，不定期邀請農業專家至金門辦理研討會或講習會，提升農民專業栽培技術。
協助農民於採收前採樣，送至衛生局及動植物防疫所進行農藥殘留檢測，檢測合格者始能上架販售，力求生產高品質、高產量優質農產品。
為鼓勵地區農民從事安全農作耕作，辦理「金門縣農業試驗所輔導安全蔬果農作推廣實施計畫」，春、秋兩季發給耕作獎補助費，每0.1公頃最高2,000元。
協助及媒介安全農業示範戶於家樂福、全聯、農漁會、各中小學校及縣聯社等通路銷售安全蔬果，開拓安全蔬果多元化銷售通路，並提升消費者對安全蔬果標章認知及購買意願。
辦理農業研討會及講習
協助安全農業示範戶開拓多元銷售通路