一、雜糧良種繁殖推廣：
本縣因受地理環境影響，僅能種植些粗放性雜糧作物，而其中又以高粱及小麥為主要經濟作物，本所每年繁殖高粱、小麥等雜糧良種繁殖種子，並推廣本地區農戶契作種植，提高農友生產物與優良品質之宗旨目標。
（一） 高粱
1.於每年7月中旬繁殖秋作雜交之金門九號高粱種子，收穫後放置冷藏庫貯藏，作為翌年春、秋兩季價售推廣地區農友種植，以俾利增加農友產能效益。
2.金門縣農會向台中種苗改良場採購高粱台中5號品種推廣地區農友栽培。
（二） 小麥
於11月下旬種植台中選2號，於翌年4月中旬收穫，並於5月初完成乾燥、種子篩選去雜質等事項作業，後送至冷藏庫貯藏，作為年度冬作推廣農民種植及本所採種圃繁殖使用。
高粱－金門九號 102年度 種植面積：2.5公頃 收成：2,042ＫＧ
103年度 種植面積：0.7公頃 收成：1,100ＫＧ
104年度 種植面積：3.7公頃
小麥－台中選二號 102年度 種植面積：3公頃 收成：9,600ＫＧ
103年度 種植面積：3公頃 收成：12,035ＫＧ
104年度 種植面積：3公頃 收成：9,177ＫＧ
燕麥－青稞燕麥 102年度 種植面積：1.2公頃 收成：1,480ＫＧ
103年度 種植面積：1.2公頃 收成：3,360ＫＧ
104年度 種植面積：1.2公頃 收成：2,036ＫＧ
馬鈴薯－台農一號 102年度 種植面積：0.45公頃 收成：5,900ＫＧ
103年度 種植面積：0.44公頃 收成：6,850ＫＧ
二、穴盤育苗：
穴盤育苗技術起源於1960年代後期能源危機時，而本所於1994年進行穴盤苗育苗推廣。穴盤苗生產技術不僅縮短作物生長所需時間、提高種子發芽率和整齊度，也提昇種苗品質及節省大量勞力。
本所利用溫室設施，並依作物特性採用瓜類45穴孔及葉菜類72穴孔不同規格之穴盤及介質進行育苗。育成之種苗整齊度高、品質穩定，定植後容易存活。
秋冬季穴盤苗以甘藍、包心白菜、花椰菜、球莖甘藍等葉菜類為主；在夏季以菱角絲瓜、苦瓜、西瓜、洋香瓜等瓜類為主。二季穴盤育苗推廣數量約計35萬株。
本所穴盤苗生產推廣不但便於苗期適時作產期調節，有效進行計畫性生產以調節市場供需，並立用機械化設施培育大量優良種苗推廣予地區農友，並增加蔬菜種類多樣性，提高幼苗成活率，減少育苗成本支出，提高農民栽培意願與收益。
三、蔬菜採種：
利用本島冬季低溫乾燥氣候，從事十字花科蘿蔔、花椰菜、球莖甘藍等蔬菜採種；夏季則進行本地種稜角絲瓜、苦瓜等之採種，年採收種子30餘公斤。
四、馬鈴薯種薯繁殖：
繁殖原種無病毒種薯，每年生產3,000公斤，供農民種植，推廣面積達3公頃。