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高粱、小麥品種選育
本所歷年曾選出金選三號，並育成金門五號、金門七號、金門八號、金門九號等高粱、耐旱、抗風及適合機械收穫之雜交品種，另首創推廣一年二作宿根栽培法，深受農民接納。永續不斷的引進親本，並進行雜交選育適合釀酒用糯性高粱品種。
為配合酒廠提昇金酒品質，引進小麥新品種進行觀察試驗篩選適合製麴品種，確保金酒品質，保障農友小麥種植能永續經營，增加農民收益。
甘藷推廣栽培
甘藷原為金門主要雜糧作物，本所曾育成金門三號、十六號等品系；另引進數十種甘藷品種，經試驗觀察選出台農五十七號、台農六十六號、桃園一號、台農七十號、台農七十二及葉菜甘藷台農七十一號、桃園二號等，推廣農民種植。
落花生推廣栽培
落花生為金門水煮花生及「貢糖」原料，本所先後改良金門選一號、二號；並引進大粒型品種，如台南選九號、台南十二號、花蓮一號等推廣栽培。為保障地區貢糖品質，將不斷引進選拔適合製貢糖及水煮花生品種。
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